«El Sitio de Chillán»: «Con todo para ganar, todo se ha de perder»
1813 fue un año especial, se presenta con uno de los inviernos más agresivos vistos hasta el momento, que pone un problema a un ejército patriota poco modernizado. Con una lluvia que se presenta por 40 largos días, que literalmente los lleva a dormir en el barro en deplorables condiciones. Los 5.000 hombres se protegían del frío con ponchos cubiertos de alquitrán y capas de lona que volaban al más mínimo viento. En cambio, los casi 2.000 hombres realistas, que si bien en desventaja numérica, vivían en el pueblo tranquilos, con casas de adobe preparadas para la lluvia. Carrera tenía a pesar de ello, todo para ganar, los hombres, los recursos y la voluntad, además de un coronel popular entre las tropas, Amunátegui.
El 13 de julio Bernardo tiene su primera incursión en Chillán, ocurre en el estero Maipón (hoy Chillán Viejo) era la frontera que dividía a los asediados de los sitiadores.
Aquí es cuando comienza la tragicómica batalla, partiendo porque el grupo patriota debió esperar más de diez días la llegada de los cañones que necesitaban, pensando en que no había caminos, todo con barro, sobre carretones maltrechos, cruzaron el río Itata en balsas de palos, pero logran finalmente llegar. Ya con los cañones, Carrera amenaza al cabildo de Chillán para que entregase al ejército del rey, sin éxito en este primer intento, comienza el uso de los cañones, pero sin grandes expertos en su uso y con el grueso de los muros de adobe de Chillán (mojados por la lluvia) amortiguaban bien el impacto, haciendo inútiles los cañones (solo servían para formas pequeñas ventanas en las casas). En cuanto a las milicias no era tan distinto, atacando desordenados, sin una hegemonía que permitiese una correcta estrategia de batalla.
Luego de ese nefasto día, Carrera cruza el Maipón y Mackenna instala seis cañones cerca de las primeras casas de Chillán. Juan Francisco Sánchez no pierde el tiempo y envía a Elorreaga a destruir al grupo patriota. Elorreaga que era un estratega, ordena a sus hombres avanzar gritando “viva la patria”, portando una bandera blanca. Los hombres de Carrera pensando que estaban desertando, los van a recibir, pero se encuentran con los realistas que les disparan a quemarropa. Sin evidencia clara al respecto, se relata que Bernardo estaba viendo de lejos, y corre junto a sus hombres a atacar a los falsos desertores, los cuales arrancan hacia Chillán. En la persecución O`Higgins, Mackenna y Luis Carrera, iban por la calle “de Navarrete” en la cual tenían los realistas posicionado un cañón, Bernardo para eludirlo decide subirse a los techos, en contra de la orden de Luis (quizás su primer signo de insubordinación), ya que solo aceptaba órdenes de Mackenna. A parte de Bernardo, estaban también el coronel Urízar, los capitanes Aldunate y Vásquez en la ciudad (no era el único con un alto cargo en el momento). Bernardo desde los tejados ve que ya casi no queda nadie en Chillán y que estaba prácticamente ganada la batalla, pero el comandante Serrano (ayudante de campo del mismo Carrera), ordena la retirada.
El repliegue de Chillán es muy criticado y no del todo entendido, sobretodo por las múltiples muertes en ambos bandos, afectando tanto la imagen de Carrera, tanto así que en el sur comienzan ya a inclinarse hacia la causa del rey. Esta masacre en Chillán, logra el argumento bajo el cual la Junta de Santiago, comienza a criticar por primera vez el liderazgo de Carrera.
No se sabe del todo el motivo de la retirada de José Miguel, él hablaba que fue por el desorden y la inobediencia, pero lo más probable es que fue de capricho, al ver que ni Mackenna ni su hermano Luis lo escuchaban, pese a que los patriotas ya tenían infiltrada la ciudad.
Un último hecho termina de sepultar la campaña y el prestigio de Carrera. Ocurre en la tarde del 3 de agosto, en que Juan José Carrera debía atacar junto a 400 hombres a unos 50 realistas, solo por un piño de ganado. Sin una explicación histórica del por qué, pero Juan José se devuelve, dejando atrás los cañones que había movido. Según otros historiadores, es ahí cuando Bernardo emprende un ataque de caballería para recuperarlos, teniendo éxito y llevándolos de vuelta a la “batería del restaurador” (un foso en el que Carrera concentraba su poder de fuego). La catástrofe ocurre cuando balas de cañón del Castillo de San Bartolomé (batería realista en el lado poniente de Chillán) alcanzan el lugar de almacenamiento patriota, fue la explosión más grande sentida hasta ese momento en la guerra por la independencia. Unos cien soldados patriotas perecieron en la explosión y los que quedaban debieron resistir la contra realista. Esto junto al mal tiempo, la lluvia, el frío, mal preparados, termina con cualquiera posibilidad de éxito.
Inician así los desertores, al verse sin municiones ni caballos, con hambre, comienzan a volver a sus campos. Carrera en sus desesperados intentos por recuperar balas y recursos desde Talca y Concepción, sufre la toma de dichos recursos por parte de los realistas en el río Itata. Los soldados de Carrera se hicieron ingobernables, no hacían casos a sus jefes, violaban mujeres, asesinaban indiscriminadamente, era un regadero de cadáveres.
El 6 de agosto Carrera, intenta negociar con Sánchez, le ofrece libre paso a Valdivia y Chiloé a cambio de que dejase Chillán y sus armas. Sánchez por su parte, propone una tregua de seis meses en la que Carrera debía retirarse al Maule y él a Concepción, dando paso con ello a negociaciones con Abascal. Carrera rechaza todo, pero ya no había mucho más por hacer, sin alimento ni municiones para el enemigo.
Finalmente, el día 8 en la mañana, el ejército restaurador con todo para ganar, levanta el sitio. Con el disgusto de O`Higgins, ya que odiaba ese pueblo, el cual degradó a su madre al más bajo escalafón social, años después la rabia contra este pueblo seguiría latente.